Подразделение было создано приказом министра внутренних дел России в апреле 1993 года для предупреждения и пресечения групповых, антиобщественных и массовых беспорядков на объектах транспорта.
Предшественником отряда была спецрота в составе отдельного батальона патрульно-постовой службы милиции при Северо-Западном управлении внутренних дел на транспорте МВД России, в дальнейшем – отряд милиции особого назначения (на транспорте), в задачи которого входило обеспечение правопорядка на участке оперативного обслуживания.
Необходимость в подобном подразделении была обусловлена сложной оперативной обстановкой в 90-е годы, необходимостью снизить уровень преступности, обеспечить безопасность граждан.
С момента образования личный состав отряда активно задействовался в мероприятиях по охране общественного порядка и безопасности при проведении важных общественно-политических и спортивно-массовых мероприятий, по борьбе с преступными проявлениями на самых криминогенных участках территории обслуживания.
Так, в 1993 году сотрудниками транспортного ОМОНа была задержана группа правонарушителей, устроивших массовые беспорядки на теплоходе «Тарас Шевченко», совершавшем тур на остров Валаам. Теплоход был остановлен на рейде, а группа задержания ОМОН с катера высадилась на борт судна и провела жесткое задержание.
В 1994 году личный состав отряда участвовал в масштабной спецоперации петербургского уголовного розыска по задержанию на Московском вокзале вооруженной группы особо опасных преступников, подозреваемых в убийстве и вымогательстве. Благодаря профессионализму и решительности сотрудников транспортного ОМОН, операция была проведена успешно. Были задержаны 11 человек, изъято холодное и огнестрельное оружие.
Становление и сплочение отряда проходило в сложных условиях боевого применения и выполнения задач по восстановлению конституционного порядка в районах межнациональных и вооруженных конфликтов. На счету подразделения более 20 командировок в Северо-Кавказский регион. Шесть сотрудников были награждены орденами Мужества, шестнадцать сотрудников – медалями «За Отвагу».
Но место подвигу есть и в мирное время. 27 ноября 2009 года майор милиции Дмитрий Хистяев и подполковник милиции Андрей Абраменко находились в поезде №166 «Невский Экспресс» сообщением Москва - Санкт-Петербург. На 284-м километре перегона «Алёшинка - Угловка» в результате теракта с рельсов сошли 3 вагона. Офицеры ОМОН, сразу оценив масштаб трагедии и доложив руководству о случившемся, стали помогать раненым пассажирам. Вместе с поездной бригадой они оказывали пострадавшим первую помощь. За спасение людей Указом Президента России офицеры были награждены государственными наградами.
7 сентября 2011 года, когда сотрудники отряда обеспечивали правопорядок в аэропорту Туношна в Ярославле, они стали очевидцами крушения самолета «ЯК-42» с хоккейной командой «Локомотив» на борту. Сотрудники транспортного ОМОН вновь оказались первыми в оказании помощи пострадавшим. Они отыскали двух выживших пассажиров и доставили их медикам.
В октябре 2016 года, в соответствии с Указом Президента России, ОМОН МВД России по Северо-Западному федеральному округу вошел в состав Росгвардии и был преобразован в отряд мобильный особого назначения (на транспорте) Главного управления Росгвардии по г.Санкт-Петербургу и Ленинградской области. 3 ноября 2021 года Приказом Росгвардии отряду было присвоено собственное название – «Балтика».
Отряд формируется на конкурсной основе. По своим физическим и морально-волевым качествам сотрудники ОМОН «Балтика» (на транспорте) способны выполнять самые сложные задачи, возложенные на отряд особого назначения.
Сегодня личный состав ОМОН «Балтика» (на транспорте) - это сплоченный коллектив профессионалов, с честью выполняющий свой служебный долг на территории обслуживания, включающей 19 субъектов Российской Федерации, протяженностью около 24 тысяч километров железнодорожных и водных путей.
За годы существования петербургским транспортным ОМОН обеспечен общественный порядок и безопасность на тысячах массовых и литерных мероприятий, задержаны более 1000 лиц, подозреваемых в совершении преступлений; раскрыты десятки резонансных преступлений, проведены тысячи оперативно-розыскных и профилактических мероприятий; изъято более 98,5 килограммов наркотических средств; свыше 120 единиц огнестрельного и более 60 единиц холодного оружия; более 1,5 тысяч боеприпасов; сопровождено более 73 тысяч поездов дальнего следования и электропоездов.